Początki oświaty i szkolnictwa w Ostrołęce sięgają okresu zaborów. Jeszcze przed 1905 r. założono pierwszą szkołę powszechną, którą należy traktować jako zalążek późniejszej Szkoły Podstawowej nr l im. Stanisława Jachowicza, a także pośrednio również naszej szkoły. Szkoła cieszyła się uznaniem mieszkańców Ostrołęki. W 1930 r. uczyło się w niej ok. 800 uczniów, a w latach 1934-35 zwiększyła się do ok. 1200 uczniów.

Systematyczny rozwój miasta i szkolnictwa został brutalnie przerwany działaniami wojennymi. Miasto uległo zniszczeniu w 65%. W 1945 r. przystąpiono do odbudowy miasta i organizacji szkolnictwa. W latach 1945-47 szkoła nosiła pełną nazwę: Siedmioklasowa Publiczna Szkoła Powszechna nr l stopnia III im. Stanisława Jachowicza w Ostrołęce.

Potrzeba zabezpieczenia odpowiednio wykształconej kadry pedagogicznej dla rozwijającego się szkolnictwa wymusiła niejako założenie Liceum Pedagogicznego w Ostrołęce.

W 1950 r. w związku z rozwojem Liceum Pedagogicznego i niedostateczną bazą lokalową w mieście "Jedynkę" podzielono:

Szkoła ćwiczeń, na czele której stał Kierownik Szkoły, służbowo podlegała dyrekcji Liceum Pedagogicznego. Jej nauczyciele posiadali pełne kwalifikacje do nauczania w szkole podstawowej oraz wieloletnie doświadczenie pedagogiczne, dlatego też dużą wagę przywiązywali do prawidłowej organizacji praktyk.

Niepodważalnym sukcesem szkoły w tym okresie jest wykuwanie, wspólnie z LP, kadr nauczycielskich dla odradzającego się szkolnictwa podstawowego na kurpiowszczyźnie. Pierwsze trudne kroki w zawodzie nauczyciele stawiali na lekcjach w naszej szkole.

Szczególna uwaga i chwila refleksji należy się tym, którzy stanowili podwaliny obecnego wizerunku Szkoły Podstawowej nr 5 im. Zofii Niedziałkowskiej, czyli kadrze pedagogicznej Szkoły Ćwiczeń. Należy podkreślić, iż byli to ludzie z wieloletnim doświadczeniem, dobrze przygotowani zawodowo, bardzo ambitni i zaangażowani. Tacy nauczyciele oddziaływali żywym przykładem na postawy swoich wychowanków. Postawy te stały się tradycją kultywowaną w pracy pedagogicznej nauczycieli w naszej szkole. Kierownikami Szkoły Ćwiczeń byli w owym czasie:

Rok szkolny 1961/62 wpisał nową kartę w historię szkoły. W dniu 15.07.1961 r. weszła w życie ustawa „O rozwoju systemu oświaty i wychowania", wprowadzająca ośmioklasową szkołę podstawową oraz obowiązek szkolny. W tym samym roku oddana została do użytku nowa szkoła podstawowa, która otrzymała nr 6. Tym samym nr 5 został przypisany Szkole Ćwiczeń. W roku szkolnym 1970/71 szkoła ostatni raz pełni podwójną rolę, tj. rolę normalnej szkoły i jednocześnie warsztatu dla Liceum Pedagogicznego. Szkoła systematycznie rozwija się i rozbudowuje.

Na przestrzeni lat działalności pedagogicznej szkoła dopracowała się 123 laureatów i finalistów konkursów przedmiotowych na różnych szczeblach w tym w dużej mierze wojewódzkich i ponad 200 laureatów konkursów o różnej tematyce ogólnospołecznej i sportowej.

Mnogość organizowanych corocznie konkursów na szczeblu szkoły świadczy o ogromnej aktywności społeczności szkolnej. Aktywność ta była zauważalna również poza murami szkoły. W czasie powodzi w 1979 r. nauczyciele i dyrekcja pełnili dyżury. Uczniowie często angażowali się w akcje charytatywne na rzecz miasta (budowa szpitala w Ostrołęce), regionu lub cel ogólnopolski np. na odbudowę stolicy czy budowę Pomnika Szpitala Centrum Matki Polki. Kultywowano miłość do „małej ojczyzny" poprzez konkursy przedmiotowe, rajdy i turnieje turystyczno-krajoznawcze. Młodzież miała również kontakt z „żywą historią", dzięki spotkaniom z ciekawymi ludźmi (np. więźniem obozu koncentracyjnego, fizylierką żeńskiego batalionu im. Emilii Plater I Dywizji Tadeusza Kościuszki).

Istotną rolę w procesie wychowawczym szkoły odgrywały organizacje młodzieżowe i liczne koła zainteresowań, by wymienić choćby: organizacje harcerskie, PCK, SKS, Samorząd Szkolny, chór czy Klub Krajoznawczo-Tury styczny.

Obecnie w 12 oddziałach Szkoły Podstawowej nr 5, uczy się 241 uczniów, z którymi pracuje 23 nauczycieli. Zajęcia w klasach I-III odbywają się dwuzmianowo. Szkoła jest współgospodarzem budynku, który był wznoszony jeszcze w latach 1923-1926. Społeczność szkolna ma do dyspozycji 6 sal lekcyjnych, salę komputerową, bibliotekę, świetlicę oraz małą salę gimnastyczną.

Szkoła Podstawowa nr 5 od 2003 r. rozpoczęła starania o nadanie jej imienia. Po procesie eliminacyjnym wyłoniono dwóch kandydatów na patrona szkoły: Mikołaja Kopernika i Zofię Niedziałkowską. Ostateczne głosowanie wygrała Zofia Niedziałkowska. Uroczysty finał starań miał swoje miejsce 25.05.2005 r., a dzień ten na zawsze pozostanie ważnym dniem dla Szkoły Podstawowej nr 5 im. Zofii Niedziałkowskiej.

Nasza Szkoła to szkoła mała, bezpieczna, gdzie nikt nie czuje się anonimowy, a życzliwość i troska personelu pozwala uzyskiwać wysokie wyniki dydaktyczne i wychowawcze.